异常凭证不是一种单独票种，而是一张已经开出、可能已经抵扣的发票被主管税务机关按特定情形列入异常范围。所以同一张票，抵扣时点和被列入异常时点不同，处理动作也不一样：有的要先做进项税额转出，有的要先核实交易真实性再决定。以下按阶段拆开讲。
01什么情形下会被认定为异常增值税凭证
异常凭证的认定权在主管税务机关，纳税人自己判断不了，但可以对照常见情形看自己处在哪一类。
哪些票会被纳入异常范围
常见情形包括：开票方走逃失联；开票方被认定为非正常户；发票上的货物或服务名称、金额、数量与实际交易明显不符；同一开票方短期内大量开票后走逃；发票信息与申报信息比对异常。这些情形由税务机关在系统中标记，纳税人通常是通过电子税务局提示、主管税务机关通知，或者自己在勾选抵扣时看到状态异常才得知。
怎么确认自己手里的票是不是异常凭证
先看电子税务局里该张发票的状态，再看是否收到主管税务机关的书面通知或电话、短信告知。如果只是系统提示异常，还没收到正式通知，可以先按提示暂缓抵扣，同时向主管税务机关或拨打12366确认。不要仅凭同行说"这张票有问题"就自行处理。
02进项税额要不要转出，先分清三种情形
不是所有异常凭证都要转出，判断分三种情形：需要转出、可以先核实、以及已被认定虚开后走另一套处理。区别在于是否已申报抵扣、是否收到正式通知、交易是否真实。
已经申报抵扣的，通常要转出
如果该发票已经用于申报抵扣，且已被主管税务机关认定为异常凭证，按现行规定一般需要做进项税额转出，也就是把已抵扣的税额从当期进项中剔除，补缴相应税款。转出的时点和申报表填写位置，以主管税务机关的具体要求为准，各地在操作口径上可能有差异。涉及的法律依据可参见《中华人民共和国增值税暂行条例》及国家税务总局的相关公告。
还没抵扣的，先别急着勾选
如果发票刚收到、还没申报抵扣，最直接的做法是暂缓勾选抵扣，先核实交易和开票方情况。核实期间该票不进入当期进项，也就不存在转出问题；如果核实后确认交易真实、开票方资质正常，再按正常流程处理。
交易真实且能举证的，可以申请核实后继续抵扣
如果交易真实、货款支付、货物或服务实际取得，纳税人可以向主管税务机关提出核实申请，提供合同、付款凭证、物流单据、出入库记录等材料。经税务机关核实符合条件的，该发票可以不按异常凭证处理，已转出的进项税额也有可能调整回来。是否允许、需要哪些材料，各地要求不完全一致，要以主管税务机关的答复为准。
03核实交易真实性要看哪些材料
核实不是靠口头说明，而是靠能对应到这笔交易的单据。材料准备得越完整，沟通越顺。
合同、付款与货物三个环节能对上吗
把合同或订单、银行付款回单、发票、出入库单或服务验收记录摆在一起，看金额、日期、货物或服务名称能不能一一对应。金额或名称对不上的，先自己找出原因，是折扣、退货还是开票时填错，再决定是否需要联系开票方换开。
开票方的情况要不要自己查
可以通过国家企业信用信息公示系统或国家市场监督管理总局网站查开票方的登记状态、经营范围和是否被列入经营异常名录。这一步是核实交易背景的辅助动作，不能替代主管税务机关对异常凭证的认定，但能帮你判断对方是否已经走逃失联。
04处理过程中的时间节点与证据留存
收到异常凭证提示后，越早核实、越早和主管税务机关沟通，留出的处理空间越大。具体期限各地要求不同，以主管税务机关通知中载明的时间为准。
收到通知后先做哪一步
先确认通知来源和内容，再核对发票状态，然后判断是暂缓抵扣还是先做转出。不要一边接到通知一边继续正常抵扣，容易在后续申报中产生比对异常。
哪些材料要留、留多久
合同、付款凭证、物流或验收记录、与开票方的沟通记录、主管税务机关的通知或答复，都建议按笔存档。留存期限可以参照会计档案管理的一般要求，具体以《中华人民共和国会计法》及会计档案相关规定为准。
05转出后如果核实交易真实，能不能调整回来
可以申请，但不保证一定调整。经主管税务机关核实交易真实、凭证合法有效的，已转出的进项税额有可能在核实后重新计入，具体操作以主管税务机关的答复为准。申请时需要提供能证明交易真实的完整材料，并说明转出时的处理经过。
如果交易本身不真实，或者开票方已被认定存在虚开情形，就不能指望通过核实恢复抵扣，此时应尽快咨询税务专业人士，评估是否涉及补税、滞纳金或其他责任，相关边界可对照《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国发票管理办法》。