发票被认定有问题，先要看通知里写的是哪一类认定，再决定是补税、换票还是提异议。同样一张发票，被认定为开票方走逃失联形成的异常凭证，和被认定为发票信息填写不合规，处理路径并不一样，前者往往要先做进项税额转出，后者通常还能通过重新开具合规发票来解决。下面按收到通知之后的实际顺序讲。
01先分清发票“有问题”属于哪一类
处理方式取决于认定类型，不是所有情形都要立刻补税。税务机关给企业的通知，一般会写明认定依据、涉及发票清单、要求办理的事项和办理期限，先照着通知上的表述判断属于哪一类，再决定动作。
税务机关的通知里通常会写明什么
通知一般包含作出认定的机关、文书名称与编号、送达日期、涉及的发票号码与开票方、金额和税额、所属期，以及要求企业在什么期限内办理什么事项。这些信息是企业后续对账、更正申报和提出异议的基础，纸质签收凭证、电子税务局的消息记录都要留存，不要只截一张图。
三种常见情形分别意味着什么
发票本身不合规，指的是抬头、纳税人识别号、品名、金额税率等填写有误，或者该开专用发票却开了普通发票。这类情形通常可以要求对方作废重开或开具红字发票后重开，重新取得合规发票后能否继续抵扣，按主管税务机关的要求办理。
被列入异常凭证，常见于开票方走逃失联或未按规定办理申报的情形。已抵扣的进项税额一般需要先做转出，后续如果情况澄清，或者重新取得了合规发票，再按规定处理，不能自行决定继续抵扣。
被认定为取得的发票与实际经营业务不符，处理会更重，可能涉及补缴税款、滞纳金以及后续处理。这类情形建议尽快把合同、付款、货物或服务交付的证据整理出来，必要时咨询专业税务意见，不要等到期限届满。
发票的取得和保管要求属于国务院《中华人民共和国发票管理办法》的调整范围，具体到某一张发票怎么认定、怎么处理，仍以税务机关的通知和处理决定为准。
02拿到通知后先核对哪几项
收到通知先别急着改账，先把通知内容、发票信息和申报记录三处对齐，确认清楚再动手。对不上的地方先记录下来，很多争议其实出在发票号码、所属期或金额对错行。
通知文书本身要核对什么
核对作出认定的税务机关是不是自己的主管机关，文书编号、送达日期是否清楚，涉及的发票是否确实由本企业取得并抵扣。如果通知上的发票号码、金额与企业账面记录不一致，先把差异整理成书面说明，向发出通知的税务机关确认，不要按错误的数据直接更正申报。
发票、账、申报表怎么对
把发票号码、开票日期、金额、税额，与账面的记账凭证、认证抵扣记录，以及对应属期的增值税纳税申报表逐笔核对。核对时按发票逐张编号，做成一份对照清单，标注哪张已抵扣、抵扣在哪个属期、金额税额多少。这份清单在后续更正申报和陈述申辩时都用得上。
03已抵扣的进项税额怎么处理
多数情况下，已抵扣的进项税额需要在税务机关要求的属期做进项税额转出，并相应补缴税款。是否加收滞纳金、从哪一天起算，以税务机关的处理决定和通知为准，企业不宜自行判断或自行免除。
进项税额转出在申报上怎么体现
申报层面，在增值税纳税申报表的进项税额转出相关栏次填报，不同版本申报表的栏次名称可能有差异，以当期电子税务局的填报说明为准。账务层面，把原来计入应交税费的进项税额冲回，转入对应的成本、费用或损失科目，做到账表一致。更正申报后要保存好更正前后的申报记录和完税凭证。
企业所得税要不要跟着调
如果这张发票最终不能作为税前扣除凭证，对应的成本费用在企业所得税汇算清缴时可能需要调整；如果能在汇算清缴结束前重新取得合规发票，处理方式又不一样。申报更正、税款追征和滞纳金的处理，依据全国人民代表大会常务委员会《中华人民共和国税收征收管理法》以及税务机关的具体决定，企业可以就自己的具体情形向主管税务机关确认口径。
04有异议怎么办
对认定有异议，可以在通知载明的期限内向作出认定的税务机关陈述、申辩或申请核实，不要拖到期限过了再提。异议能不能被采纳，取决于证据能不能说明业务本身是真实的，而不是取决于解释得多有道理。
什么情况下值得提异议
交易真实发生、货物或服务实际收到、款项通过对公账户支付、有合同和交付记录，只是开票方那边出了问题，这类情形值得把证据整理清楚后正式提出。如果业务本身缺少真实交付的支撑，先把情况核实清楚再决定怎么做，贸然申辩反而可能扩大问题。
需要准备哪些材料
常见材料包括合同或订单、银行付款凭证、货物签收单或服务验收记录、运输单据、与对方的沟通记录、发票原件及认证抵扣记录。材料按发票逐笔编号，附一份清单说明每份材料对应哪张发票、证明什么事项。提交时留一份完整的复印件或电子件，并记录提交时间和接收人。
05委托代账的情况下，责任和配合边界在哪
代账机构按企业提供的资料记账报税，发票对应的业务是否真实，责任仍在企业自己；但代账方有义务及时转达通知、配合核对数据和更正申报。把这两件事分开看，后续沟通会顺畅很多。
代账公司该做什么、不该承诺什么
该做的是把收到的通知第一时间转达企业、协助核对发票与申报数据、按税务机关要求更正申报、留存沟通记录。不该做的是承诺“一定能解决”“不用补税”这类结果，任何机构都无权替税务机关作出认定。委托前可以核对对方的代理记账许可，许可上的主体名称应与营业执照一致，依据是财政部《代理记账管理办法》（财政部令第98号）。
合同里提前看清什么
合同里值得写清楚的有几项：收到税务通知后的告知方式和时限、更正申报的配合范围、因企业提供资料不实产生的补税和滞纳金由谁承担、这类事项是否属于另行收费项目。口头承诺没有依据，写进合同或补充协议才便于事后核对。
06处理完之后留什么、之后怎么自查
处理完不是结束，把通知、更正申报记录、完税凭证和沟通记录归档，再按同一套方法回头查一遍同类发票。问题发票往往不是孤立的，同一开票方、同一类业务的其他发票值得一并核一遍。
归档清单包括通知文书与送达凭证、进项税额转出后的申报表、完税凭证、与税务机关的沟通记录、与开票方的往来证据。自查方向包括：同一开票方的其他发票是否也被列入、同类业务的其他供应商是否存在类似风险、账、票、申报三处是否一致。
政策口径和办理要求，可以拨打 12366 纳税缴费服务热线咨询，或通过电子税务局、主管税务机关确认；文件原文可在国家税务总局网站 https://www.chinatax.gov.cn 查询。