标题里的问题拆成两件事：一是拿到一张通行费电子发票之后，它能不能进进项税额；二是不能抵的那些，是票本身不合规，还是企业自身条件不满足。这两件事的判断入口不一样，先分清再谈操作。
01先确认这三点，再谈能不能抵扣
通行费电子发票能不能抵扣，先看三个前提：发票是不是合规开具、抬头是不是本单位、抵扣主体是不是增值税一般纳税人。三点都成立，才轮到判断票面项目和用途。
抬头开成谁，决定了能不能进本单位的账
发票购买方名称和纳税人识别号，必须与实际发生通行费、并且要抵扣进项的那个纳税主体一致。实践中常见的情形是员工个人抬头的电子发票拿到公司报销，这种票公司入成本费用还有讨论空间，但用来抵扣进项通常站不住，因为抵扣主体和票面购买方对不上。如果是分公司车辆、由总公司统一付款的，要按实际的纳税主体关系来处理，别想当然认为同一集团内部可以互相抵。
取得发票的经营主体是什么纳税人身份
只有增值税一般纳税人，才涉及按票面税额抵扣进项的问题。小规模纳税人采用简易计税方法，不通过进项抵扣，通行费支出按相关规定计入成本费用即可。所以同一张票，甲公司能抵、乙公司不能抵，很多时候差的就是纳税人身份，而不是票的问题。
通行费电子发票和纸质票据有什么区别
能用来抵扣的凭证形态，以现行发票管理规定认可的形式为准。全国人民代表大会常务委员会《中华人民共和国税收征收管理法》和国务院《中华人民共和国发票管理办法》管的是发票的开具、取得和使用的基本规则，具体到通行费电子发票的抵扣口径，需要看税务机关发布的现行有效文件，不能拿几年前的旧口径直接套用。发票管理办法的正式名称和文号写准确，是核对时最基础的一步。
02哪些通行费支出通常可以抵扣
通行费支出能否抵扣，核心看它是否与本单位应税经营相关、票据是否合规、扣除凭证形式是否符合当期规定。满足这些条件的通行费，通常可以按规定抵扣进项税额。
经营性车辆跑业务产生的通行费，是比较典型的一类。比如货运车辆按时段缴纳的通行费、销售或巡检人员自驾出差的通行费，只要票据抬头是本单位、支出与本单位的应税经营直接相关，一般可以纳入抵扣考虑范围。判断的关键不是"是不是通行费"，而是"这笔支出换来的服务，本单位是不是在做应税经营"。
这里需要提一句《财政部 税务总局关于统一增值税小规模纳税人标准的通知》（财税〔2018〕33号），它统一了小规模纳税人的判定标准，直接关系到企业按哪种纳税人身份核算，也就决定了通行费能不能走抵扣这条路。文件本身不谈通行费，但它是判断纳税人身份的依据之一，进而影响本章结论是否适用。
03哪些情形不能抵扣，或者要特别当心
不能抵扣的情形可以分两类：一类是票本身或主体条件不满足，另一类是用途不属于可抵扣范围。两类都要在申报前排除。
抬头、税号不对的票
购买方名称写的是个人、税号缺位或者填错的，通常不能用来抵扣。企业可以在报销环节先做一道筛选：让经办人提交发票时确认抬头和税号，代账公司收到票后做二次核对，两边都过一遍比事后返工省事。
用途与应税经营无关的支出
用于集体福利、个人消费等非应税经营用途的通行费，通常不在可抵扣范围内。例如公司车辆主要用于接送员工上下班、或者通行费对应的行程明显与经营无关，这类支出即使票据合规，也未必能抵。判断依据是支出的实际用途，不是票面上的项目名称。
拿旧口径套新情形
通行费抵扣的凭证形式和计算方式，在不同时期有过调整。如果按几年前的方式处理，可能和现行要求不一致。稳妥的做法是以税款所属期对应的现行文件为准，遇到拿不准的，通过国家税务总局官网或拨打12366纳税缴费服务热线核实，而不是沿用代账公司上一次的处理方式。
04一笔通行费从取票到申报，怎么走完
流程本身不复杂，关键是每一步的材料都留好，申报时能对上账。下面按真实先后列出来，具体到每一家企业，第3步和第4步的顺序可能因计税方式略有不同，以实际核算为准。
- 取票时确认抬头是本单位的全称和纳税人识别号，通行费电子发票按现行规定获取。
- 取得票后，判断本单位是不是一般纳税人、这笔支出是不是用于应税经营，两个条件都满足再考虑抵扣。
- 在账务上把通行费支出和对应的进项税额分别记清楚，留存发票原件或电子文件。
- 在规定的申报期内，按现行要求填写申报表的相关栏次，注意区分不同税率或征收率的项目。
- 申报后把发票、账务记录和申报表对应起来保存。如果之后被问起，能按照"票—账—申报"一条线还原出来，比临时翻找省事得多。
这里要注意一个容易忽略的点：抵扣的归属期和发票开具时间不一定同步。有时发票开在上期但取得在下期，或者跨月入账，具体怎么归属，按现行申报要求处理，不要凭感觉挪月份。
05用一张表把可抵和不可抵的条件摆在一起
下面这张表按同一口径比较几类常见情形，列的是判断条件，不是绝对结论。实际操作时，还要结合企业自身身份和当地执行情况。
| 情形 | 纳税人身份 | 抬头与用途 | 通常能否抵扣 |
|---|---|---|---|
| 经营用车跑业务 | 一般纳税人 | 抬头为本单位，用于应税经营 | 通常可以，按现行规定处理 |
| 个人抬头的通行费 | 一般纳税人 | 抬头为个人 | 通常不能用于抵扣进项 |
| 集体福利用车 | 一般纳税人 | 抬头合规，但与应税经营无关 | 通常不在可抵扣范围 |
| 小规模纳税人发生的通行费 | 小规模纳税人 | 抬头合规，用于经营 | 不通过进项抵扣，按成本费用处理 |
06代账交接时，通行费这块要额外核什么
通行费涉及的票量大、单张金额小，代账交接时最容易被略过，所以要在交接清单里单列一项。可以让对方说明：这些票是怎么分类的、抵扣部分和不抵扣部分怎么区分、申报表哪一栏体现了这部分。说不清楚分类依据的，就要顺着账往回查。
如果选择的是代理记账机构，按财政部《代理记账管理办法》（财政部令第98号）的规定，从事代理记账业务需要取得相应许可，签合同前可以核对许可上的主体名称与营业执照是否一致。许可管的是这家机构能不能做代账这件事，不等于它对通行费抵扣的口径就一定准确，具体税务处理仍要以现行文件和主管税务机关口径为准。
07常见追问
通行费电子发票一定要当月抵扣吗
抵扣的归属期按现行申报要求确定，通常与发票所属期和取得时间的关系有关，不必然等于开票当月。跨期取得、跨月入账的情况，按规定处理，不要自行挪到方便申报的月份。
同一张通行费发票，公司和个人都在用怎么办
关键看抬头是公司还是个人。抬头是公司的，能不能抵还要看用途是不是应税经营；抬头是个人的，一般不能用来抵扣进项。混用车辆的，建议按行程或用途留一份内部记录，方便说明支出性质。
在哪里能查到通行费抵扣的现行口径
可以到国家税务总局官网核对现行有效文件，不确定直接拨打12366纳税缴费服务热线问，或咨询主管税务机关。不要拿几年前的博客文章或他人经验当依据，政策口径会调整。
代账公司处理的通行费抵扣出错，责任怎么分
先看双方合同里怎么约定服务范围和责任。企业自身提供票据、说明用途的义务，和代账方按约处理申报的义务是两件事。发现问题的，保存好发票、账务记录和沟通记录，按合同约定的方式处理；涉及税务责任的认定，以主管税务机关的意见为准。